Als die Zisterziensermönche das Kloster Sanctae Mariae ad Portam im Zuge der Reformation 1540 verließen, konnten sie auf eine erfolgreiche Arbeit von mehr als 400 Jahren zurückblicken. Das ehemals sumpfige Saaletal, in das sie 1137 gekommen waren, hatten sie zum Erblühen gebracht, und der Grundbesitz, den sie zurückließen, umfasste mehrere tausend Morgen Land.
Dies alles gehörte nun dem protestantischen Landesherrn, Kurfürst Moritz von Sachsen, der nach längeren Verhandlungen mit den Ständen 1543 beschloss, das Kloster in eine neuartige, staatliche Lehranstalt und die Klostergüter in eine dazugehörige Stiftung umzuwandeln. 100 begabte Knaben, deren Zahl schon bald auf 150 aufgestockt wurde, sollten hier eine hervorragende Ausbildung erhalten, um später dem Land als Lehrer, Wissenschaftler, Beamte oder protestantische Geistliche zu dienen. Die Auswahl der Schüler – dem damaligen Zeitgeist entsprechend nur Jungen, keine Mädchen – sollte unabhängig von der sozialen Herkunft nur nach der schulischen Eignung erfolgen. Die sechsjährige Ausbildung inklusive Unterkunft und Verpflegung sollte vollkommen unentgeltlich sein.
Im November 1543 kam der erste Schüler; bald darauf begann der Schulbetrieb. Aus Pforte war Schulpforte geworden. Generationen von Schülern, darunter zahlreiche namhafte Absolventen (z.B. Ranke, Fichte, Nietzsche, Klopstock), zeugen nicht nur vom Erfolg dieses Projektes, sondern auch von der Weitsicht des Landesherrn, in die Ausbildung der Jugend zu investieren.
Unterrichtet wurden anfangs fast ausschließlich die Alten Sprachen, vornehmlich Latein, die damalige Wissenschaftssprache, die jeder fließend beherrschen musste, wenn er an einer Universität in Europa studieren wollte. Die außerunterrichtliche Betreuung der Schüler erfolgte durch einen Hebdomadar, d.h. dass sich die anfangs nur fünf Lehrer wöchentlich im Internatsdienst abwechselten. Dies konnte nur funktionieren, wenn die Schüler frühzeitig daran gewöhnt wurden, innerhalb ihrer Gemeinschaft Verantwortung zu übernehmen, sodass letztlich vor allem die älteren Schüler die jüngeren betreuten.
Im Laufe der Jahrhunderte musste die Schule etliche Krisen überstehen, z.B. die Wirren des Dreißigjährigen Krieges oder den Durchzug der Napoleonischen Armeen. Hinzu kamen einige innere Krisen, wenn die notwendige Anpassung an neue Lehrinhalte oder die Renovierung der Gebäudesubstanz zu lange hinausgezögert worden war.
Bis 1815 war die Schule sächsisch, dann kam sie als Folge der Beschlüsse des Wiener Kongresses unter preußische Herrschaft und erlebte im 19. Jahrhundert eine besondere Blütezeit. Etwa zeitgleich wurde in Preußen bekanntlich das humanistische Gymnasium zum neuen Leitbild der höheren Schulbildung, wodurch die Alten Sprachen auch in Schulpforte ihren hohen Stellenwert behielten und durch neue, keineswegs gleichberechtigte Fächer wie Deutsch, Turnen und Naturwissenschaften nur ergänzt wurden. Ferner wurden – entsprechend dem damaligen Zeitgeist, der keineswegs als rein preußisches Phänomen abgetan werden kann – die Sitten im Internat strenger, und die hierarchische Ordnung unter den Schülern trieb zuweilen seltsame Blüten.
Nach dem Ersten Weltkrieg verlor die Stiftung Schulpforta im Zuge der Hyperinflation von 1922/23 ein Viertel ihres Vermögens und war damit erstmals auf staatliche Beihilfen angewiesen, was sich sogleich auch in den Ausbildungszielen bemerkbar machte. Denn aufgrund der negativen Erfahrungen mit dem preußischen Militarismus suchte man nach neuen Zielen und Methoden der pädagogischen Betreuung im Internat, was zu Turbulenzen und heftigen schulpolitischen Debatten führte, in denen sich vor allem ehemalige Schüler lautstark für die Bewahrung der alten Traditionen einsetzten.
Diese Querelen nutzten die Nationalsozialisten, um die Schule 1935 in eine Nationalpolitische Erziehungsanstalt umzuwandeln. Um den anfänglichen Widerstand zu brechen, wurden nicht nur alle Lehrer, sondern auch gleich alle älteren Schülerjahrgänge entlassen. Neben dem Bestreben, vorhandene Eliteschulen in das NS-System einzubinden, waren Internatsschulen für die Nationalsozialisten von besonderem Interesse, weil viele NS-Erziehungsziele eher außerhalb des eigentlichen Unterrichts lagen. So rückten, nachdem die NS-Rassenlehre schon 1933 reichsweit Pflichtbestandteil des Biologieunterrichts geworden war, ab 1935 auch in Pforta die sportliche Ertüchtigung, die Erziehung zum absoluten Gehorsam und eine mit Kriegsbeginn immer stärker werdende Militarisierung des Gemeinschaftslebens in den Mittelpunkt. Als Konzession an die alten Traditionen durfte aber auch der altsprachliche Unterricht weiter gepflegt werden.
Die Niederlage im Zweiten Weltkrieg brachte zwangsläufig neue Brüche. Die Stiftung Schulpforta wurde 1945/46 im Zuge der Bodenreform von der sowjetischen Militärverwaltung enteignet. Neu war auch, dass Ende der 40er Jahre die ersten Mädchen aufgenommen wurden. Inhaltlich erfolgte zunächst wieder ein eher "bürgerlicher" Neuanfang, doch nach Gründung der DDR kam es in den 50er Jahren zu heftigen ideologischen Auseinandersetzungen unter den Schülern, in denen sich die FDJ, die staatliche Jugendorganisationen der DDR, durchsetzte. 1959 wurde Schulpforte als normale Erweiterte Oberschule in das einheitliche, sozialistische Bildungssystem der DDR integriert, behielt aber bis 1967 seinen altsprachlichen Unterricht und bemühte sich auch sonst, dem traditionellen Anspruch auf Leistung treu zu bleiben. Im "polytechnischen" Stundenplan dominierten die Naturwissenschaften, doch wurde 1981 mit der Gründung von speziellen Sprachenklassen an die alte Tradition der Sprachenausbildung angeknüpft, nun allerdings klar neusprachlich orientiert: Unterrichtet wurden Russisch, Englisch, Französisch und ein wenig Latein. Ferner wurde auf Betreiben engagierter Musiklehrer 1982 der Musikzweig gegründet – für manchen auch als eine Art Bildungsnische, um trotz staatlich verordnetem Sozialismus klassische Bildungsinhalte pflegen zu können.
Nach der Wiedervereinigung von Ost- und Westdeutschland 1990 ging die Schule als Landesschule Pforta in die Trägerschaft des Landes Sachsen-Anhalt über. Musik- und Sprachenzweig wurden fortgeführt – letzterer wieder mit stärkerer Betonung der Alten Sprachen. Fremdsprachen- und Musiklehrer durften bleiben, die meisten der übrigen Lehrer wurden versetzt, neue Kollegen aus Ost- und Westdeutschland kamen hinzu. Die Internatsbetreuung wurde umorganisiert und liegt seitdem wieder überwiegend in den Händen der Lehrer, die als Hauseltern oder diensthabende Lehrer im Internat leben bzw. arbeiten.
1992 wurde mit der Einrichtung des naturwissenschaftlichen Zweiges das Gesamtprofil der Schule vervollständigt. 1993 wurde mit großem Aufwand die 450-Jahr-Feier begangen. Die Post brachte sogar eine Sonderbriefmarke heraus. Ansonsten waren die 90er Jahre vor allem durch umfangreiche Renovierungsarbeiten geprägt, um Schule und Internate auf einen modernen Stand zu bringen, aber auch um die Kirche und andere historische Gebäude zu erhalten. Bis heute sind diese Arbeiten noch nicht abgeschlossen. Aus anfangs vier Internatseinheiten wurden bald fünf, und 2001 wurden mit der Einführung des 13. Schuljahres zwei weitere Gebäude zu Internaten umgebaut, sodass die Schülerzahl zwischenzeitlich auf fast 400 anstieg. Mit dem Auslaufen des 13. Schuljahres im Jahr 2007 sind es nun wieder etwa 300 Schülerinnen und Schüler, die gemeinsam mit ihren Lehrerinnen und Lehrern in Schulpforte leben und lernen.
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